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量子点标记技术与原子力显微镜相结合的单分子相互作用研究

原子力显微镜(Atomic Force Microscopy, AFM)作为单分子研究工具,可用于生物分子相互作用研究。但是对于多蛋白复合体,AFM成像不能区分不同的蛋白质分子,需要在特定蛋白上引入特异性标记。而量子点作为纳米材料构成的硬质球体,具有较低的压缩性,因而可以在AFM成像中形成较强的拓扑信号。北卡罗莱纳大学Bennett Van Houten课题组,将量子点标记DNA损伤修复蛋白—UvrB,利用原子力显微技术,精确分析了UvrB与UvrA以及UvrB与DNA之间的相互作用特性,为多蛋白复合体相互作用研究提供了新的方法。

Hong Wang等采用抗体三明治方法将量子点(Quantum dots, QDs)与UvrB偶联。首先在UvrB表达蛋白末端加上HA标签,然后以HA单抗作为接头蛋白,最后与量子点标记的二抗进行偶联,从而获得量子点标记的UvrB(UvrB-QD)(图1)。该方法中,HA标签及其抗体,可增加UvrB和QD之间的距离,从而避免量子点形成空间位阻,不会影响UvrB与其他蛋白和DNA的相互作用。另外,虽然也可采用生物素化的HA抗体与链霉亲合素偶联的量子点进行标记,但是,每个HA抗体上有多个生物素,进而通过链霉亲合素而偶联多个量子点,最终导致聚集,不利于单分子分析,因而该方法不适合本项研究。

利用AFM和基于琼脂糖的凝胶阻滞实验(EMSA),研究者明确,与量子点偶联的UvrB仍然保持了与UvrA的相互作用,以及对DNA损伤的识别功能。同时,利用量子点在AFM中独特的拓扑信号(图2),分析了UvrB在DNA损伤缺口的特异性结合,这是其他生化分析无法实现的。上述方法也可用于其它蛋白质分子的研究,对于发展基于量子点标记技术的蛋白质及DNA相互作用研究具有重要意义。

图1 量子点标记UvrB的模式图。



图2量子点及其标记物的原子力显微镜分析。

(A)量子点标记二抗;(B)量子点标记二抗与HA单抗的偶联物;(C)量子点标记二抗、HA单抗、UvrB的偶联物;(D)量子点标记二抗、HA单抗、UvrB、UvrA的偶联物



文献来源:

Wang H, Tessmer I, Croteau DL, Erie DA, Van Houten B. Functional characterization and atomic force microscopy of a DNA repair protein conjugated to a quantum dot. Nano Lett. 2008;8(6):1631-7.




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